W wielkoczwartkowe przedpołudnie we wszystkich kościołach katedralnych odprawiana jest tzw. msza krzyżma. Liturgia eucharystyczna Wielkiego Czwartku upamiętnia moment ustanowienia Najświętszego Sakramentu - przeistoczenia chleba i wina w Ciało i Krew Chrystusa. W katedrach biskupi święcą w tym dniu oleje, potrzebne przy udzielaniu sakramentu chrztu, bierzmowania i sakramentu chorych. Oliwa była niegdyś środkiem wzmacniającym i leczniczym, a gałązki drzewa oliwkowego -symbolem pokoju. Dlatego Kościół tak szeroko wykorzystuje oliwę w swoich obrzędach.
Podczas uroczystej mszy wieczornej biją dzwony. Ich serca tak łomocą, że aż tym, którzy nie zmieścili się we wnętrzu kościoła, zapiera dech. Ale jeszcze tylko parę uderzeń i zamilkną, by odezwać się ponownie dopiero w Wielką Sobotę. Zamilkną też dzwonki przy ołtarzu. Ich radosny głos zostanie zastąpiony przez głuche klaskanie kołatek. Chrystus wydany na mękę krzyżową cierpi, a cały Kościół pogrąża się w smutku i żałobie.
Wielki Czwartek nazwano ,,wielkim", ponieważ w tym dniu w Wieczerniku rozegrały się tak brzemienne w skutki wydarzenia.
Po mszy św. ksiądz obnaża ołtarz. Czyni tak na pamiątkę obnażenia Jezusa z szat i obmycia Jego ciała. Z ołtarza zdjęto wszystko, nawet krzyże i lichtarze. To piękny polski zwyczaj i jakże przywodzący na myśl te chwile kiedy Jezus "...wstał od stołu, złożył swe szaty, wziął prześcieradło i przepasał się nim. Potem napełnił naczynie wodą, zaczął umywać uczniom nogi i ocierać je prześcieradłem, którym był przepasany..."
Wielki Czwartek od dawien dawna uważany był przez Słowian za dzień zaduszny. We wschodniej Małopolsce gospodynie piekły w tym dniu specjalne baby, zwane perepiczkami. Zanoszono je na cmentarz wraz z garncem pełnym wody. Tam, nad grobami, a więc tak jakby w obecności przodków, gospodarze wymieniali między sobą perepiczki i wodę. Jeszcze w XVIII w., a miejscami i w wieku XIX, istniał w tym dniu zakaz przędzenia i szycia. Podobny zakaz obowiązywał we wszystkie dnie zaduszne w ciągu roku.